杨超，计算化学博士，主要从事计算机辅助药物设计（CADD）与人工智能驱动（AIDD）的小分子药物发现研究。研究方向聚焦于结构基础虚拟筛选、超大规模组合化合物库对接、蛋白–配体打分函数开发以及机器学习在药物发现中的应用。累计发表论文19篇，总被引用次数超过1500次（h-index 15)。

博士期间围绕蛋白–配体打分函数与虚拟筛选方法开展研究；博士后及产业阶段致力于将新型对接与组合化学空间探索方法应用于真实药物发现项目，推动计算方法在先导化合物发现和优化中的落地应用。熟悉从靶点结构分析、虚拟筛选、命中化合物发现到实验验证的完整流程，具备跨学科合作与方法开发经验。

学习经历：

2016-2022美国纽约大学，计算化学专业，博士

2013-2016电子科技大学，生物物理专业，硕士

2009-2013电子科技大学，生物技术专业，学士

工作经历：

2026.1-至今 深圳理工大学，药学院，教研助理教授

2023.12-2026.1美国洛克菲勒大学，博士后研究员

2023.7-2023.12 Axle Informatics(美国马里兰州)，高级计算科学家

2022.7-2023.7 Exo Therapeutics(美国波士顿)，计算化学科学家

·计算机辅助药物设计（CADD）

·分子对接方法开发 （Combinatorial Docking）

·超大规模组合化合物库（如Enamine REAL Space）筛选

·蛋白–配体打分函数与结合自由能预测

·机器学习/深度学习（AIDD）在药物发现中的应用

·蛋白–肽相互作用建模与靶点验证

Yang, C.;Xu, X.; Xiang, C. Current computational methods for protein–peptide complex structure prediction.Current Medicinal Chemistry2024, 26, 4059-4078.

Yang, C.;Chen, E.A.; Zhang, Y. Protein-ligand docking in the machine-learning era.Molecules2022, 27, 4568.

Yang, C.;Zhang, Y. Delta machine learning to improve scoring–ranking–screening performances of protein–ligand scoring functions.Journal of Chemical Information and Modeling2022, 62, 2696-2712.

Yang, C.;Zhang, Y. Lin_F9: a linear empirical scoring function for protein–ligand docking.Journal of Chemical Information and Modeling2021, 61, 4630-4644.

Xia, Y.; Liu, Y.;Yang, C. (co-first author);Simeone, D.M.; Sun, T.; DeGraff, D.J.; Tang, M.; Zhang, Y. and Wu, X.R. Dominant role of CDKN2B/p15INK4B of 9p21.3 tumor suppressor hub in inhibition of cell-cycle and glycolysis.Nature Communications2021, 12, 2047.

Teng, K.W.; Tsai, S.T.; Hattori, T.; Fedele, C.; Koide, A.;Yang, C.;Hou, X.; Zhang, Y.; Neel, B.G.; O’Bryan, J.P. and Koide, S. Selective and noncovalent targeting of RAS mutants for inhibition and degradation.Nature Communications2021, 12, 1-13.

Yang, C.; Zhang, S.; Bai, Z.; Hou, S.; Wu, D.; Huang, J.; Zhou, P. A two-step binding mechanism for the self-binding peptide recognition of target domains.Molecular BioSystems2016, 12, 1201-1213.

Yang, C.;Zhang, S.; He, P.; Wang, C.; Huang, J.; Zhou, P. Self-binding peptides: folding or binding?Journal of Chemical Information and Modeling, 2015, 55, 329–342.

Zhou, P.;Yang, C.;Ren, Y.; Wang, C.; Tian, F. What are the ideal properties for functional food peptides with antihypertensive effect? A computational peptidology approach.Food Chemistry2013, 141, 2967–2973.

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